Suomen Neurologisen Yhdistyksen neljä jaostoa ovat:
- AVH-jaosto, joka on perustettu 29.3.2007. Jäsenmäärä 31.12.2010: 51 (ml pj ja sihteeri)
- Kipuneurologian jaosto, joka on perustettu 29.3.2007. Jäsenmäärä 31.12.2010: 36.
- Liikehäiriöjaosto, joka on perustettu 26.5.2005/1.12.2005. Jäsenmäärä 31.12.2010: 73 (joista 8 liitännäisjäsentä).
- Neuroimmunologian jaosto, joka on perustettu 29.3.2007.